Kessié memulakan kerjayanya di akademi Stella Club d'Adjamé pada tahun 2010.[1] Pada tahun 2014, beliau telah dimasukkan ke dalam skuad senior.[2]

Atalanta

Pada 29 Januari 2015, Kessié menandantangani kontrak tiga tahun bersama kelab Serie A, Atalanta.[3] Beliau telah dibawa masuk ke dalam skuad Primavera sejurus ketibaannya. Beliau beraksi dalam perlawanan peringkat Eropah pada 1 Mac ketika menentang A.C. Milan Primavera.

Pada 18 April 2015, Kessié telah dipanggil ke skuad senior untuk menghadapi perlawanan menentang Roma[4] tetapi beliau kekal sebagai pemain simpanan.

Cesena (pinjaman)

Pada 26 Ogos 2015, Kessié berpindah ke Cesena yang beraksi di Serie B selama tempoh satu tahun. Beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Cesena pada 26 September dengan menggantikan pemain Antonio Ragusa ketika perlawanan terikat seri tanpa jaringan menentang Perugia.

Kessié menjaringkan gol pertamanya pada 31 Oktober 2015 ketika pasukannya melakar kemenangan 2–0 ke atas Virtus Lanciano. Beliau seterusnya tampil dalam kesebelasan utama pasukan dengan lebih kerap. Pada musim tersebut, beliau telah beraksi sebanyak 37 perlawanan dan menjaringkan empat gol selain pasukannya melangkah ke pusingan play-off ke Serie A namun tertewas.

Kembali ke Atalanta

Setelah tamatnya tempoh pinjaman di Cesena, Kessié telah dimasukkan ke dalam skuad utama oleh pengurus Gian Piero Gasperini.[5] Selepas beraksi untuk skuad utama dalam aksi pra-musim, beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Atalanta pada 13 Ogos 2016 ketika perlawanan Coppa Italia menentang Cremonese yang berkesudahan Atalanta menang 3-0. Enam hari kemudian, beliau menandantagani kontrak baru bersama Atalanta yang meletakkan beliau di Atalanta sehingga tahun 2021.

Kessié melakukan penampilan sulungnya di Serie A bersama Atalanta pada 21 Ogos 2016 ketika pasukannya tewas 4-3 kepada Lazio.[6] Beliau menjaringkan gol untuk Atalanta seminggu kemudian namun pasukannya akur akan kekalahan 2-1 kepada Sampdoria.[7]

Kessié seterusnya menjadi tonggak penting kesebelasan utama dalam perancangan Gasperini apabila menjaringkan gol kemenangan ketika menentang Torino[8] dan Roma[9] melalui tendangan penalti. Beliau juga menjaringkan gol penyamaan ketika pertembungan menentang Empoli pada 20 Disember 2016 sebelum Marco D'Alessandro menghasilkan gol kemenangan Atalanta.[10]

Milan

Pada 2 Jun 2017, Kessié berpindah ke kelab Serie A, Milan secara pinjaman selama dua tahun bersama pilihan untuk pembelian secara tetap.[11][12] Pada asalnya, beliau telah memilih jersi bernombor 19 tetapi dipujuk oleh pihak pengurusan kelab untuk diberikan kepada Leonardo Bonucci yang akan berpindah ke Milan beberapa minggu kemudian. Hasilnya, Kessié memilih jersi bernombor 79. Setelah Bonucci meninggalkan Milan pada jendela perpindahan musim panas seterusnya, beliau ditawarkan untuk mendapatkan semula nombor jersi asalnya namun beliau menolak. Hal ini demikian kerana beliau tidak mahu peminat-peminat Milan menyumbang duit tambahan untuk memudahkan proses peribadinya iaitu penukaran jersi nombor.[13]

Beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Milan ketika perlawanan kelayakan Liga Europa menentang CS U Craiova pada 27 Julai.[14] Pada 20 Ogos 2017, beliau menyudahkan tendangan penalti dalam perlawanan pembukaan Serie A ketika menewaskan Crotone 3-0.[15]